湖南方四島受地理位置及環境影響之限制，交通水利等公共設施施作困難，一般自來水之建設所需投資極大且營運成本高，無法普及供應，目前東嶼坪及東吉嶼仍無自來水供應，島上居民生活用水均主要來源為地下水源及井水，惟地下水有限且原有供水管線老舊漏水嚴重及抽水設施老舊，造成供水量受限且水質不穩。故為提升東吉嶼及東嶼坪島上生活用水品質，提供島上人員安全且適足之飲食用水，海洋國家公園管理處（以下簡稱海管處）辦理「澎湖南方四島海水淡化廠新建工程（東吉嶼及東嶼坪）」­包含取水工程、慢濾池工程、管線工程、儲水池工程、海淡機房工程（自主發電及每日23公噸淡化機組），已於106年10月完工，預計於12月中旬正式啟用。

本工程設計採用薄膜逆滲透方法，並配合能源回收裝置，降低耗電量；啟用處理後之水質符合「自來水水質標準」，將可提供每日可產出生活用水量約每日20公噸及生飲水水量約每日3公噸；所有管線與海水接觸之材質，係採用不銹鋼或耐鹽化及耐腐蝕材料，可延長使用年限，相關設計準則係依據中華民國國家標準及相關法規辦理。

另為避免海水淡化所產生鹵水影響當地珊瑚礁生態環境，本案施工前已事先審查預先評估環境影響。本案海淡廠所產生鹵水約每日52公噸，相當每分鐘36公升之鹵水排至大海，為了減少鹵水對排放口附近的影響，特於排放前再抽取原海水與鹵水混合稀釋後予以排放。經實際採取水樣送正修科技大學檢驗結果，鹵水鹽度52.7mg/L，抽取原海水鹽度31.7 mg/L，鹵水與原海水混合後於排放口所測海水鹽度32.1 mg/L，經排放後離放流口20公尺之水質鹽度為31.4 mg/L，由於當地海水交換良好且排放量極小，經海水稀釋後與當地水域海水水質相近，對海洋生態影響甚微。

東嶼坪及東吉嶼海水淡化廠將可改善島嶼生活及生態旅遊用水品質，海管處未來亦將持續進行澎湖南方四島多元水資源潛能整合，以達到穩定供應用水為目標，並優先以水資源保育、水質改善為主，降低減少地下水使用量，減緩地下水持續鹽化問題，以提供安全用水資源及生態旅遊優質環境，並落實發展澎湖南方四島國家公園為海洋環境教育場域之政策，以提供島上人員使用安全且適足之飲食用水並改善生活品質，及未來推廣環境教育及生態遊程提供遊客登島後用水需求，同時涵養地下水資源，維護島嶼生態。