依濕地保育法規定本部主管2處國際級及40處國家級重要濕地，前開濕地分散全國各處，囿於執行人力，並為管理需要，爰委辦(任)直轄市、縣(市)政府及相關機關辦理重要濕地之規劃、經營管理、審查及處分作業等事宜。

• 105年5月5日公告本部委任國家公園管理處辦理重要濕地之規劃、經營管理、審查及處分作業
• 107年6月29日公告本部委辦直轄市、縣(市)政府辦理重要濕地之相關事項
• 107年8月23日公告本部委辦嘉義縣政府、臺東縣政府及花蓮縣政府辦理重要濕地之相關事項
• 110年11月9日公告本部委辦臺北市政府辦理其轄內淡水河流域重要濕地之相關事項
• 111年6月21日公告本部委辦臺北市政府辦理其轄內淡水河流域重要濕地(國家級)濕地基礎調查及相關通知公告事項